Burundi gehörte von 1885 bis 1916 zum deutschen Kolonialreich.

Nach der Unabhängigkeit 1962 nahm Deutschland als einer der ersten Partner die Entwicklungszusammenarbeit mit Burundi auf und genießt aufgrund der erzielten Erfolge in der Entwicklung Burundis einen guten Ruf.

Nach den Jahren der internationalen Isolation von 2015 bis 2020 in Folge eines Putschversuchs 2015 und anschließender Unruhen findet unter dem neuen Staatspräsidenten Ndayishimiye eine außenpolitische Öffnung statt, in deren Rahmen Burundi den politischen Dialog mit der Europäischen Union und ihren Mitgliedsstaaten wiederaufgenommen hat.

Im Handelsbereich machen Exporte aus Burundi nach Deutschland ca. 4,7 % des Gesamtexportvolumens aus (2021), hauptsächlich wird Kaffee exportiert. Deutschland liegt an 14. Stelle im Bereich Warenimport nach Burundi (2021 14,5 Mio. USD), Tendenz steigend.

Die staatliche Entwicklungszusammenarbeit zwischen Deutschland und Burundi läuft bis Mitte 2026 sukzessive aus. Laufende Projekte konzentrieren sich insbesondere auf die Kernthemen Wasser- und Sanitärversorgung bzw. Gesundheit. Außerdem berücksichtigen einige regionale / globale Programme Burundi, zum Beispiel im Bereich humanitäre Hilfe und Ernährungssicherheit. Auch im Rahmen von Team-Europe-Initiativen ist Deutschland in Burundi aktiv.

Das Land Baden-Württemberg betreibt seit den 1980er-Jahren eine Länderpartnerschaft mit Burundi, die 2014 durch eine gemeinsame Erklärung der Landesregierung und des burundischen Außenministers formalisiert wurde. Die Partnerschaft wird primär durch die landeseigene Stiftung Entwicklungs-Zusammenarbeit Baden-Württemberg (SEZ) betrieben. Nach dem Besuch einer Delegation der CDU-Landtagsfraktion im Sommer 2022 reiste zuletzt im Juni 2023 eine Delegation aus Baden-Württemberg zur Eröffnung des SEZ Verbindungsbüros in Bujumbura.

Die an der Universität von Burundi angebotenen Deutschkurse stoßen auf großes Interesse: Jährlich gibt es ca. 1.700 Teilnehmende. Auch das Goethe Institut Nairobi unterstützt in Kollaboration mit der Deutschen Botschaft die „Deutsch als Fremdsprache“ (DAF) Förderung. Das Interesse an DAAD-Stipendienprogrammen ist hoch.