Burundi gehörte von 1885 bis 1916 zum deutschen Kolonialreich.

Nach der Unabhängigkeit 1962 nahm Deutschland als einer der ersten Partner die Entwicklungszusammenarbeit mit Burundi auf und genießt aufgrund der erzielten Erfolge in der Entwicklung Burundis einen guten Ruf.

Nach den Jahren der internationalen Isolation von 2015 bis 2020 in Folge eines Putschversuchs 2015 und anschließender Unruhen findet unter dem neuen Staatspräsidenten Ndayishimiye eine außenpolitische Öffnung statt, in deren Rahmen Burundi den politischen Dialog mit der Europäischen Union und ihren Mitgliedsstaaten wiederaufgenommen hat.

Das Handelsvolumen zwischen Burundi und Deutschland ist sehr gering. Aus Burundi wird hauptsächlich Kaffee exportiert. Deutschland exportierte 2023 Waren im Wert von 11,12 Mio. USD nach Burundi, ein Rückgang von etwa 20,6 % gegenüber dem Vorjahr.

Burundi ist kein Partnerland im BMZ-Länderprogramm. Es findet daher keine bilaterale Entwicklungszusammenarbeit zwischen Deutschland und Burundi statt, die letzten Projekte laufen bis Mitte 2026 aus. Diese noch laufenden Projekte konzentrieren sich insbesondere auf die Kernthemen Wasser- und Sanitärversorgung bzw. Gesundheit. Dennoch unterstützt Deutschland Burundi auf vielfältige Weise. Zum einen ist Deutschland einer der größten Geber humanitärer Hilfe in Burundi, zum anderen berücksichtigen auch zahlreiche regionale und globale Programme Burundi, zum Beispiel in den Bereichen Ernährungssicherheit, Landwirtschaft und Bergbau. Auch im Rahmen von Team-Europe-Initiativen ist Deutschland in Burundi aktiv.

Das Land Baden-Württemberg pflegt eine Länderpartnerschaft mit Burundi, die 2014 durch eine gemeinsame Erklärung der Landesregierung und des burundischen Außenministers formalisiert wurde und im Jahr 2024 ihr 40-jähriges Bestehen feierte. Die Partnerschaft wird primär durch die landeseigene Stiftung Entwicklungszusammenarbeit Baden-Württemberg (SEZ) betrieben. Im Juni 2023 nahm eine Delegation aus Baden-Württemberg an der Eröffnung des SEZ-Verbindungsbüros in Bujumbura teil.

Die an der Universität von Burundi und an einigen Schulen angebotenen Deutschkurse stoßen auf großes Interesse: Jährlich gibt es ca. 3.500 Teilnehmende. Auch das Goethe Institut Nairobi unterstützt in Zusammenarbeit mit der Deutschen Botschaft die Förderung von „Deutsch als Fremdsprache“ (DAF).